طراحی محاسباتی دارو برای افراد متخصص در شیمی دارویی و شیمی محاسباتی

در بخش ابتدایی کتاب "طراحی محاسباتی دارو" ترجمه دکتر سارا رسول امینی و سایر همکاران فرآیندهای طراحی معمول برای تعدادی از سناریوهای طراحی دارو ارائه شده است. فرآیندهای چندگانه­ ی طراحی دارو نیز ارائه شده­ اند زیرا خود فرآیند با توجه به این­که آیا هدف پروتئین، DNA، هدفی درون سیستم اعصاب مرکزی یا ... است تغییر می­کند. فرآیندهای طراحی دارو که در کتاب "طراحی محاسباتی دارو" ارائه شده است فرآیند مورد استفاده در یک شرکت دارویی خاص را بازتاب نمی­دهد، بلکه روندهای کاری معمولی هستند که عناصر مورد استفاده در تقریباً تمام مراکز تحقیقات دارویی را با هم ادغام کرده است. فصل­ های پیرامون فرآیند طراحی دارو برای نشان دادن نحوه­ ی استفاده­ ی معمول هر روش محاسباتی می­باشند. مقایسه­ ی فرآیندهای مختلف طراحی دارو بیان می­دارد کجا ابزارهای محاسباتی خاص مناسب یا نامناسب هستند. این کتاب قوانین زیادی برای انتخاب بهترین ابزار در شرایط خاص ارائه می‌­دهد.

قسمت دوم کتاب از مجموعه­ای فصول تشکیل شده که هر فصل بر یک روش محاسباتی تمرکز دارد. هر کدام از فصل­هایی که در رابطه با یک روش محاسباتی هستند به منظور ارائه­‌ی یک درک پایه از نقاط ضعف و قوت آن روش می­ باشند. تئوری هر روش بطور مفهومی بحث شده، اما مشتقات ریاضیاتی، اگر وجود داشته باشد، بطور جزئی صحبت شده است. فرآیندهایی برای استفاده از نرم­افزار و مباحث مهم پیش آمده نیز توصیف شده­اند. زمانی­که بین بسته­های نرم­افزاری موجود تفاوت­های چشمگیری دیده شود، آن مباحث نیز بحث می­شوند. با این حال، این کتاب مختص نرم‌­افزار یک سازنده نیست. نکات خوب و بد نسبی هر روش نیز بحث شده و در صورت امکان جدولی با مقایسه‌­ی کمّی ارائه می­‌شود.

قسمت سوم کتاب چندین فصل برای بحث پیرامون موضوعات مرتبط دارد. این­ها موضوعاتی هستند که شیمیدان طراحی­کننده­ی دارو باید با آن­ها آشنایی داشته باشد، اما معمولاً در کار روزمره درگیر نیستند. زمینه­های تحقیقاتی جدید، بگونه­ای که در زمان نوشته شدن این کتاب معرفی شدند نیز در این کتاب توضیح داده شده است. از آن­جا که هرگونه اطلاعات جزئی­تری در رابطه با این موضوعات قبل از اتمام نگارش کتاب بلا استفاده می­بود، بعضی از معرفی­ها به عمد گسترده و مفهومی ارائه شدند.

این کتاب بسیار صنعت ­محور می­باشد. بحث ­های پیرامون این­که هر ابزار چه موقع و چگونه استفاده می­گردد بر پایه‌­ی یک فرآیند معمول طراحی داروی صنعتی می­باشد. به این طریق، من به عمد از استفاده از توضیحات کارتونی شکل­های هندسی که با هم جفت می­شوند خودداری کرده‌­ام. اکثریت شکل­ های این کتاب تصاویر گرفته شده از بسته­‌های نرم ­افزاری حقیقی هستند که طراحان دارو در کار روزانه با آن­ها برخورد دارند. این محیطی است که یک طراح دارو در صنعت دارویی بایستی کار با آن را بلد باشد.

برای دانشجویان علاقه ­مند به کار در زمینه­ ی طراحی دارو، این کتاب نقطه­ ی شروع مناسبی برای مطالعه است. این کتاب از یک پیش­ زمینه ­ی کامل شیمی، درک اولیه از بیوشیمی استفاده کرده و به آشنایی اندکی با شیمی محاسباتی نیاز دارد.